Mimar Sinan’ın en büyük eseri ise, 86 yaşında yaptığı ve "ustalık eserim" diye takdim ettiği, Edirne’deki Selimiye Camiidir (1575). Mimarbaşı olduğu sürece birbirinden çok değişik konularla uğraştı. Zaman zaman eskileri restore etti. Bu konudaki en büyük çabalarını Ayasofya için harcadı. 1573’te Ayasofya’nın kubbesini onararak çevresine, takviyeli duvarlar (payanda) yaptı ve eserin bu günlere sağlam olarak gelmesini sağladı. Eski eserlerle abidelerin yakınına yapılan ve onların görünümlerini bozan yapıların yıkılması da onun görevleri arasındaydı. Bu sebeplerle Zeyrek Camii ve Rumeli Hisarı civarına yapılan bazı ev ve dükkânların yıkımını sağladı. İstanbul caddelerinin genişliği, evlerin yapımı ve lağımların bağlanmasıyla uğraştı. Sokakların darlığı sebebiyle ortaya çıkan yangın tehlikesine dikkat çekip bu hususta ferman yayınlattı. Günümüzde bile bir problem olan İstanbul’un kaldırımlarıyla bizzat ilgilenmesi çok ilgi çekicidir. Büyükçekmece Köprüsü üzerinde kazılı olan mührü, onun aynı zamanda mütevazı kişiliğini de yansıtmaktadır. 

Mühür şöyledir:

« "El-fakiru l-Hakir Ser Mimaranı Hassa"

(Değersiz ve muhtaç kul, Saray özel mimarlarının başkanı) »

Eserlerinin bir kısmı İstanbul’dadır. 1588'de İstanbul'da vefat eden Mimar Sinan, Süleymaniye Camii'nin yanında kendi yaptığı sade türbeye defnedilmiştir.

Koca Sinan kalfalık eserim dediği Süleymaniye Camii’ni yaparken basamaklar halinde genişleyen piramidel bir temel sistemi kullanır. Böylece binanın zeminle temas ettiği yüzeyi iki katına çıkarır duvarlara binen yük 10 ton iken bu temel sistemiyle yükü yarıya düşürür .

Ayrıca o dönemde sıklıkla kullanılan Horosan harcının kimyasal olarak mukavemetini arttıracak bir dizi deney yapar. Roma betonu olarak bilinen ve yapısında volkanik tüf bulunan harca, kükürt oranını arttırmak için soğan katar ve devekuşu yumurtası akını da ekler bu bileşim baskı altında harcın sertleşmesini, sallantı anında esnekliğini arttırır.

Süleymaniye camisinin 76 m. yüksekliğinde ki minarelerinin 45 cm esneyerek deplasman yapabilmesini sağlayan bu harç sistemi Koca Sinan’ı aynı zamanda eşsiz bir statikçi ve zemin mekaniği uzmanı da yapar.

Ayrıca Manisa’da ilk defa camilerde deprem terazisi sistemini uygular. Caminin içine yerleştirdiği dönen bir sütunla deprem olduğunda caminin hasar alıp almadığını da test eder.

Özellikle köprü ayaklarının altına, şahmerdanla çakılan ahşap kazıklarla zeminin dayanımını arttırarak köprülerin yıkılmasını engelleyecek bir geoteknik sistem geliştirir. Şu an günümüzde kullanılan fore kazık sisteminin uygulamasını da başlatır.

Koca Sinan’ın eserlerinde ki mimari estetikten çok daha önemlisi bence yüzyıllara meydan okuyan dayanıklılığıdır.

Öldüğü 1588 yılında, henüz mühendislik konusunda kimsenin telaffuz bile edemeyeceği hesapları uygulamaya geçirerek tarihe geçmiştir.

Zülfü Livaneli’nin Koca Sinan hakkında söylediği söze katılmamak mümkün değildir.

Bütün totaliter rejimler insanı ezer, bireye “Sen hiçbir şeysin ama senin rejimin çok büyük” dedirtmeye çalışır. Onun için Hitler, Wagner‘in majestik müziğini kullandı; Nazi sanatı korkunç kaslı heykeller, yanına yaklaştığında insanı ezen, “Sen hiçbir şeysin“ dedirten dev binalar yaptı. Hıristiyanlıkta da bu var…

Bunun istisnası ise Mimar Sinan’dır. Yaptığı cami ne kadar büyük olursa olsun, insana “Sen bir hiçsin, duygusunu vermiyor. Sen bu evrenin bir parçasısın, bu da senin bir parçan” diyor…