Bu noktada atık yönetimi ve rehabilitasyon uygulamaları, madenciliğin çevresel sürdürülebilirliği açısından hayati öneme sahiptir. Özellikle metal madenlerinde cevherin işlenmesi sırasında açığa çıkan flotasyon atıkları, siyanürlü çöktürme çamurları ve asidik maden drenajı gibi atık türleri ciddi riskler doğurabilir.

Modern madencilik anlayışı, atığı yok etmek yerine onu yönetmeyi ve mümkünse geri kazanmayı hedefler. Atık barajları sıkı denetim altında inşa edilmekte ve yeni teknolojilerle çevreye zarar vermeyecek şekilde izole edilmektedir. Ayrıca bazı madenlerde atıklar yeniden işlenerek ekonomik olarak değerlendirilmekte, örneğin altın ya da bakır madenciliğinde cevherden geriye kalan malzeme tekrar işlenerek yeni değerler elde edilmektedir.

Rehabilitasyon ise bir maden sahasının kapatılması sonrası doğaya yeniden kazandırılması sürecidir. Bu süreçte toprak örtüsünün yenilenmesi, ağaçlandırma çalışmaları, su rejiminin düzenlenmesi ve ekolojik dengenin kurulması hedeflenir. Bazı örneklerde, eski maden sahaları doğa parkına, tarım arazisine ya da turistik bölgelere dönüştürülmüştür. Bu da madenciliğin toplum nezdindeki olumsuz algısının kırılmasına katkı sağlar.